La Universidad Mayor de San Simón fue fundada mediante ley de 5 de noviembre de 1832 por el Mariscal Andrés de Santa Cruz. La Misma ley dispuso la creación y funcionamiento de una Academia de Practicantes Juristas, con la que en realidad se inicia la Facultad de Derecho. Entre 1834 y 1835, la UMSS otorga los tres primeros títulos de Doctor en Derecho.El Decreto de 25 de agosto de 1845, promulgado como Ley de 12 de noviembre de 1846, por el que la República es dividida en tres distritos universitarios, se dictó bajo la presidencia del Gral. José Ballivián; en consecuencia, a Cochabamba le correspondió atender el distrito de Santa Cruz de la Sierra.

En 1863 se funda la Facultad de Medicina, que tendrá vigencia hasta el año 1872; sin embargo, vuelve a funcionar por una Orden Suprema del Dr. Aniceto Arce de 4 de febrero de 1892.

La Facultad de Derecho y la Facultad de Medicina fueron las primeras unidades académicas con las que comenzó a funcionar la Universidad Mayor de San Simón.

Las universidades españolas sirvieron de modelo e influyeron directamente en la organización de la Universidad Colonial de Nuevo Mundo, de modo particular en las del Alto Perú. Sin embargo, pese a los moldes feudales en los que se desenvolvía la vida intelectual de las universidades, en ellas germinaron las ideas libertarias de la República.

Al influjo del pensamiento reformista de Córdoba. Plasmada en el "Manifiesto Liminar de la Juventud Argentina", publicado el 21 de julio de 1918 en la "Gaceta Universitaria" de la Universidad de San Carlos, la efervescencia de las luchas autonomistas adquirieron una dimensión continental. En Bolivia -en base al referéndum del 11 de enero de 1931, convocado por el gobierno del Gral. Carlos Blanco Galindo- lograron materializarse en el Decreto Ley de 23 de febrero de 1931, por el que se sancionó la incorporación de la Autonomía Universitaria a la Constitución Política del Estado.

Pero no es suficiente la autonomía legal -decía Dr.Arturo Urquidi Morales-, también hace falta la " Autonomía espiritual, como atributo o fuerza moral capaz de hacerla indemne a todas las acechanzas y de convertirla en el baluarte inexpugnable de la cultura científica, sin cortapisas, y de las aspiraciones más puras por la independencia nacional".

La estructura universitaria respondía a esquemas feudales, totalmente desconectados de la realidad socio-cultural del país, y 1930 significó para la UMSS el inicio de un segundo período histórico.

Desde entonces se han verificado cambios significativos, que la convirtieron en una institución social capaz de responder a las necesidades de la región.

La Universidad toma parte activa en el estudio y discusión de los más candentes problemas, como la nacionalización de las minas, la reforma agraria, el voto universal, los derechos de los pueblos originarios, la ecología y las más apremiantes necesidades regionales. De esta manera la autonomía se abre a ideas nuevas e inquietudes patrióticas, creando una atmósfera espiritual frente al dogmatismo y a la intolerancia.